WindowsUpdateで表示されるルート証明書の更新とは何ですか。
インターネット上で目的とする証明書の証明機関が信頼できるものかどうかをマイクロソフトがリストアップし、これが更新された場合にWindowsUpdateの一覧に表示されるものです。
Microsoftソフトの技術情報ポータルにはその記述があります。
http://technet.microsoft.com/ja-jp/library/cc835586.aspx
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